Cryptosporidium behoort tot de eencellige parasieten, ze vertonen een lage gastheerspecificiteit en zijn in sommige gevallen zeer besmettelijk. Oocysten zijn de inactieve, besmettelijke permanente toestand van de parasiet. Deze worden uitgescheiden in de ontlasting van besmette dieren en zijn zeer resistent tegen de buitenwereld. Door slechte hygiëne vormen ze een permanente bron van infectie en dus een beslissende virulentiefactor van diarree. Na orale inname nestelen de Cryptosporidium-oöcysten zich in de darm. Ze muteren in een vegetatieve, proliferatieve vorm, de sporozoïeten, en vermenigvuldigen zich in de darmepitheelcellen van de borstelrand. Een zware aantasting van de microvilli met Cryptosporidium kan malabsorptie veroorzaken.

Verschillende Cryptosporidium zijn pathogeen voor het varken. Mono-infecties kunnen bij biggen asymptomatische chronische ziekten veroorzaken, waaronder tot op zekere hoogte een hoge uitscheiding van oöcysten. Bij secundaire infecties met andere enteropathogenen, bijv. Rotavirussen, kan een dramatische toename van klinische symptomen en ernst van diarree optreden.