De incubatietijd is >10 dagen. Giardia-infecties zijn vaak klinisch niet zichtbaar bij dieren. De klinische symptomen zijn afhankelijk van de voorbeschadiging van de darm en de immuunstatus van het dier. Ook slechte woonomstandigheden en een koolhydraatrijk dieet dragen bij aan de infectie. De Giardia-infectie vertegenwoordigt dus een factorziekte. Het treft meestal jonge dieren en manifesteert zich in acute, maar vaker in chronische, catarre, intermitterende diarree. De ontlasting is waterig, vaak met een verhoogde vermenging van slijm en vet (Stearrhoe). Vooral bij jonge dieren of dieren uit slechte huisvestingsomstandigheden kan een infectie chronische intermitterende diarree veroorzaken. Deze dieren vertonen malabsorptiesyndromen zoals een ruige vacht, chronisch gewichtsverlies, af en toe braken en apathie. De dieren scheiden grote hoeveelheden infectieuze cysten uit. Giardia-infecties bij immunocompetente dieren induceren een immuniteit die de ziekteverwekkerpopulatie geheel of gedeeltelijk elimineert. Ook volwassen honden en katten kunnen chronisch drager zijn, zonder zelf ziek te worden.

Behandeling is vaak moeilijk omdat asymptomatische chronische dragers onopgemerkt blijven en er tot op zekere hoogte resistentie is tegen gebruikte antiparasitaire middelen. Vooral groepshuisvesting met een slechte hygiënische behandeling is problematisch, omdat zelfs na succesvolle behandeling met antiparasitaire middelen vaak herinfecties kunnen optreden.