Les rotavirus font partie des virus à ARN non enveloppés, on les trouve de façon omniprésente. Presque tous les porcs adultes ont souffert d'une infection à rotavirus avec formation d'anticorps correspondante. Ils sont parmi les agents pathogènes les plus importants chez les jeunes animaux, ils ne sont pas très spécifiques à l'hôte et sont également longtemps infectieux dans le monde extérieur et les écuries. Après incorporation orale, les virus envahissent les cellules intestinales (entérocytes) et détruisent leur fonction de résorption. Les infections à rotavirus individuelles sont souvent subcliniques, sans perturbation de l'état de santé général. Mais la défécation subclinique est une source d'infection pour d'autres animaux. La soi-disant «diarrhée de deux semaines» des porcelets survient entre le 10e et le 21e jour de vie.

Elle se caractérise par une faible prise alimentaire, des vomissements occasionnels et une légère diarrhée. Cela conduit à un taux d'infection rapide au cours duquel la morbidité (taux de maladie) s'élève à 100%, bien que le taux de mortalité (décès) ne soit que de 50%. Ce phénotype survient chez les porcelets au cours de la deuxième à la troisième semaine de vie, dans la plupart des cas simultanément avec la diminution de la teneur en anticorps du lait de la truie. Dans les infections mixtes avec d'autres agents pathogènes diarrhéiques, une infestation par les vers, des maladies primaires existantes, une mauvaise hygiène et une alimentation inadéquate en colostrum des porcelets, une diarrhée sévère avec des pertes importantes dues aux décès et à un retard de croissance peut survenir. L'élevage sans mère est donc particulièrement problématique.