La période d'incubation est > 10 jours. Les infections à Giardia sont souvent cliniquement inapparentes chez les animaux. Les symptômes cliniques dépendent du prédommage de l'intestin et du statut immunitaire de l'animal. De plus, de mauvaises conditions de logement et une alimentation riche en glucides contribuent à l'infection. Ainsi, l'infection à Giardia représente une maladie facteur. Elle touche surtout les jeunes animaux et se manifeste par des diarrhées aiguës, mais plus souvent chroniques, catarrhes, intermittentes. Les matières fécales sont aqueuses, souvent avec un mélange accru de mucus et de graisse (Stearrhoe). En particulier chez les jeunes animaux ou les animaux issus de mauvaises conditions de logement, une infection peut provoquer une diarrhée chronique intermittente. Ces animaux présentent des syndromes de malabsorption comme un pelage hirsute, une perte de poids chronique, des vomissements occasionnels et de l'apathie. Les animaux excrètent de grandes quantités de kystes infectieux. Les infections à Giardia chez les animaux immunocompétents induisent une immunité qui élimine complètement ou en partie la population pathogène. Les chiens et les chats adultes peuvent également être porteurs chroniques, sans tomber eux-mêmes malades.

Le traitement est souvent difficile car les porteurs chroniques asymptomatiques ne sont pas détectés et il existe dans une certaine mesure des résistances aux antiparasitaires utilisés. En particulier, le logement en groupe avec un traitement d'hygiène médiocre est problématique, car même après un traitement réussi avec des antiparasitaires, des réinfections peuvent souvent se produire.

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